Matrix narra la aventura de Neo, un joven hacker que es convocado por el movimiento de resistencia liderado por Morfeo, que lucha contra la dominación de los seres humanos por las máquinas. Morfeo le ofrece dos pastillas de diferentes colores: con una continuará en la ilusión, con la otra descubrirá la verdad.
El protagonista escoge la píldora roja y despierta en una cápsula, de esta manera descubre que la raza humana está dominada por la inteligencia artificial, y vive atrapada en un programa de ordenador y sirve solo como una fuente de energía. Neo se da cuenta de que la resistencia cree que él es el Elegido, un mesías que liberará a la humanidad de la esclavitud de Matrix.
Aunque dude de su destino a lo largo de todo el camino, aprende a superar las reglas de simulación. Consigue salvar a Morfeo, que había sido secuestrado, y derrota al agente Smith tras un duelo en el que demuestra su valía como guerrero y confirma que es el Elegido.